Исчезновение Харухи Судзумии

Середина декабря, и неугомонная лидер бригады [[SOS]] Судзумия Харухи [涼宮 ハルヒ] решает устроить рождественский ужин прямо в клубной комнате. Все члены дружной компании с энтузиазмом берутся за подготовку праздника, но вскоре привычный мир начинает рушиться. По дороге в школу Кён замечает тревожные перемены: его друг Танигути внезапно заболел и не помнит их вчерашнего разговора, а в классе вместо Харухи сидит... Рёко Асакура, которая должна была исчезнуть.

Окружающая реальность стремительно меняется, и Кён остаётся единственным, кто помнит прошлое. Микуру Асахина смотрит на него как на незнакомца, а Нагато [長門 有希], обычно молчаливая и всезнающая, теперь — обычная застенчивая девушка, единственная участница литературного клуба. Бригады SOS будто никогда не существовало, а Харухи никто не знает. Кён оказывается в альтернативной реальности, где его друзья — совсем другие люди, и ему предстоит разгадать, что же произошло на самом деле.

Он пытается найти ответы, но чем глубже погружается в эту загадку, тем больше вопросов возникает. Почему Нагато ведёт себя как обычный человек? Почему Асакура снова здесь? И главное — куда пропала Харухи? Кён понимает, что должен вернуть всё на свои места, но для этого ему придётся столкнуться с чем-то, что лежит за пределами человеческого понимания. Время идёт, а Рождество приближается — успеет ли он восстановить настоящий мир до праздника?