Действие аниме происходит в стране, где правит огонь, в деревне Скрытый Лист. Сюжет начинается с исчезновения ниндзя, обладающих уникальными способностями. Пятый Хокаге Цунаде поручает Какаши задачу по предотвращению возможной войны, вызванной этими событиями, и оказанию помощи

События разворачиваются после истории "Железной крепости". Главный герой Икома и другие жители крепости вступают в альянс с остатками человечества. Их общей целью становится захват замка Унато, который в настоящее время находится под контролем противника. Силы альянса