Разящий меч нового Синсэнгуми

Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает развитыми дедуктивными способностями, за что получил прозвище "современный Шерлок". Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Замеченный мафиози, Шиничи оказывается в их власти. Ему насильно дают принять экспериментальную таблетку, после чего подросток теряет сознание.

Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Столкнувшись с необходимостью скрыться от преследующих его преступников, он принимает решение обратиться к Ран Мори. Под вымышленным именем Конан Эдогава он поселяется в её доме и знакомится с её отцом, Когоро Мори, владельцем детективного агентства.

Сохранив свои интеллектуальные способности и знания, Шиничи, действуя под видом ребенка, начинает тайно участвовать в расследованиях агентства. Он использует дедуктивный метод для решения уголовных дел, параллельно пытаясь найти информацию об организации, которая его преследует, и способ вернуть себе прежнее тело.