Вперёд, Анпанман! Давайте победим корабль с привидениями!!

Алхимия представлена как научная дисциплина с мистическими элементами, требующая строгого соблюдения установленных правил. Основные законы запрещают нарушать природный баланс, создавая нечто из меньшего количества материала, а также строго воспрещают попытки сотворения человека. Братья Эдвард и Альфонс Элрик, воспитанные в этих принципах, после смерти матери решаются их нарушить, предприняв попытку её воскрешения.

В результате неудачного алхимического преобразования братья несут тяжелые потери: один теряет всё физическое тело, а другой — конечность. Осознав последствия своего поступка, они ставят перед собой цель восстановить свои тела. Для этого Эдвард Элрик поступает на государственную службу в армию Аместриса, получая звание государственного алхимика.

Эта должность предоставляет ему доступ к ресурсам и знаниям, необходимым для поиска способа обратить последствия неудачного превращения. Основной задачей братьев становится поиск Философского камня — легендарного артефакта, который, по слухам, способен обойти фундаментальные законы алхимии и помочь им в исправлении ошибки.