В изолированном регионе Гэнсокё, отделённом от внешнего мира магическим барьером, проживают ёкаи, необычные животные и люди. Поддержанием баланса в этой местности занимается служительница святилища Хакурэй, Рэйму Хакурэй. В её обязанности входит расследование различных

В городе Фуюки продолжается Война Грааля, в ходе которой волшебницы охотятся за магическими манускриптами. Главная героиня Иллия, ранее обычная школьница, теперь использует магические жезлы для создания заклинаний. Эти жезлы перешли от опытных волшебниц Рин и Лювиагельты к Иллие